Μέρος των αρμοδιοτήτων της Διαχειριστικής Αρχής και του ΚΟΑΠ ανατέθηκαν σε Μονάδες Εφαρμογής που κρίθηκαν κατάλληλες για την εφαρμογή Μέτρων. Οι Μονάδες Εφαρμογής ετοιμάζουν τα Λεπτομερή Σχέδια των Μέτρων, παραλαμβάνουν αιτήσεις, τις αξιολογούν, διενεργούν τους απαιτούμενους ελέγχους και υποβάλλουν στον ΚΟΑΠ αιτήματα πληρωμών. Οι πιο κάτω οργανισμοί εφαρμόζουν μέτρα του Προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης 2014-2020